保函和投标保证金是商业交易中常见的保证金形式，用于确保合同履行和提供担保。尽管它们都是为了保证交易的安全性，但它们在性质和作用上存在一些区别。
保函是一种由银行或保险公司出具的书面承诺，确保委托人（通常是发包方）按照合同要求支付给履约人（通常是承包方）一定金额的赔偿金。保函通常适用于合同执行、付款履约、缺陷保修等领域。
投标保证金是指投标人在参与招标过程中向招标文件规定的招标单位所支付的一定金额的保证金，以表明投标人对其所投标项目的诚意及资金实力的证明。投标保证金通常会在招标结束后退还给落标者或者用作履约保证金。
保函与投标保证金之间最主要的区别在于使用场景和目的。保函用于确保合同履行，主要是对履约人的一种财务担保。而投标保证金是为了保证投标人的真实性和履约能力。
另一个区别在于保函通常由银行或保险公司出具，具有更高的信用性，可以让履约人更加信任，并提供金融机构的背书。而投标保证金则直接由投标人交付给招标单位，用于招标过程中的资金保障。
保函通常在合同签署后生效，而投标保证金则在投标前支付。另外，保函通常在合同期限内有效，而投标保证金则会根据招标文件规定退还或冻结一段时间。
综上所述，保函和投标保证金在商业交易中起着不同的作用。保函主要用于确保合同履行，由信用机构提供，并提供金融机构的背书。投标保证金用于招标过程中，以确保投标人的真实性和履约能力。
