在建设工程领域，工程保函是一种常见的担保方式，它为开发商和承包商之间的合作提供了额外的保障。然而，对于工程保函手续费的计入方式，却存在着争议与困惑。
工程保函手续费是指开发商在申请工程保函时需要支付给保险公司或银行的费用，通常是以一定比例或一定金额来计算。这笔费用用于覆盖保险公司或银行提供保函所需的代价，包括风险评估、补偿成本等。然而，是否将工程保函手续费计入在建工程成本内仍存在不同的观点。
一些人认为，工程保函手续费应当视为在建工程的一部分，并计入成本中。他们认为，工程保函是为了确保工程顺利进行和质量保证而存在的，因此相关费用应当纳入工程总成本范畴。
另一方面，也有人认为，工程保函手续费不应计入在建工程成本中。他们认为，工程保函是一种担保，其目的是为了保障开发商的利益而存在的，并非直接用于工程的建设与运作，因此不应纳入成本计算。
根据《中华人民共和国建设工程质量管理条例》第十九条的规定，建设单位以及工程总承包商在签订合同时应提供相应的资信证明或者经济担保函、履约保证金等。按照这一规定，工程保函并未被明确列入在建工程的费用范畴。
实际操作中，是否将工程保函手续费计入在建工程成本内，往往取决于合同中的约定以及各种情况的具体分析。一方面，如果合同明确规定工程保函手续费应计入在建工程成本，那么按照约定执行即可。另一方面，如果合同未明确规定，可以根据具体情况来判断是否合理计入成本，并与相关各方进行充分沟通、协商。
综上所述，对于工程保函手续费是否计入在建工程成本，可以说并没有统一的答案。其计入方式应根据合同约定、实际操作和法律法规等因素综合考量。最重要的是，各方应加强沟通和协商，确保相关费用的合理性和透明度。
