工程保函作为一种经济手段，被广泛应用于工程承包等领域。然而，在实际使用过程中，工程保函也存在一些弊端和限制。
对于企业来说，申请工程保函需要支付一定的费用，无论是否在合同履行过程中涉及违约或争议，这些费用都是不可避免的成本。
企业申请工程保函，需要提供一定的信用担保，例如银行存款，房产抵押等。这对企业来说可能形成一定的负担，并且限制了企业的其他融资渠道。
一份工程保函通常有一定的有效期限，一旦超过有效期，保函将失效。这意味着企业需要在一定时间内完成工程项目，否则就会失去保函的保障。
工程保函通常有一定的额度限制，超过额度的项目无法得到保函的覆盖。这对于一些大型工程项目来说，可能形成一定的难题。
一旦涉及到工程保函的违约或者争议，解决问题可能会比较复杂和耗时。双方需要通过仲裁或诉讼来解决争议，同时还需要花费大量的时间和金钱。
针对工程保函的上述弊端，企业可以考虑其他的替代方案。例如，可以与合作方进行深入的合同商谈，提高承包商的信用评级，以减少使用工程保函的频率和成本。
