工程保函是一种保证金形式的担保工具，通常由第三方提供给承包商。尽管它为双方提供了一定的保障，但是其缺点之一是高额的利息费用。因为发放保函需要一定的风险评估和手续办理，银行或保险公司会收取较高的利息作为对风险的补偿。
工程保函通常包含许多限制性条款和条件，对承包商造成一定的约束。这些限制可能涉及于资金使用、合同执行、违约责任等方面。在履行保函期间，承包商必须遵守这些条款，否则将可能导致保函失效或引发法律纠纷。
申请和获得工程保函需要一系列繁琐的手续办理。承包商不仅需要准备相关文件材料，并经历复杂的审批流程，还需要支付费用。这些手续可能耗费大量时间和精力，对于紧急工程或追求效率的项目来说，不便之处可不容忽视。
银行或保险公司在发放工程保函前将进行严格的风险评估，这可能导致个别承包商难以获得足够的保函额度。如果企业规模较小或信用状况较差，可能无法满足银行或保险公司的要求，因此无法获得必要的担保，限制了其参与大型工程项目的能力。
工程保函通常有一定的有效期限，到期后如果没有及时续签或更新，承包商将面临被追偿的风险。而在实际操作中，延期或更换保函也需要重新办理手续、支付费用，带来额外的麻烦和成本。
基于工程保函的担保方式，存在一定的回款周期。一旦承包商提供相关材料并按规定程序申请解除保函，根据保函的约定，需等待一段时间才能收回保函金额。这对于有急需资金流动的企业来说，会带来一定的不便。
工程保函并非适用于所有类型的工程项目。在一些特殊的情况下，如政府项目或国际工程合作中，可能需要其他形式的担保工具，例如保证金、信用证等。因此，需要审慎选择担保方式，根据实际需求进行规避风险和保障权益。
