非银行金融机构保函的一个缺点是缺乏监管。与传统银行不同，非银行金融机构在提供保函服务时并不受到严格的监管限制。这意味着这些机构可能没有实施必要的风险管理措施，导致对借款人造成潜在的风险。
另一个非银行金融机构保函的缺点是高额的利息费用。由于这些机构的资金来源相对有限，为了补偿高风险和低流动性，它们往往会收取较高的利息费用。这可能对借款人造成较大的负担，尤其是在长期借款的情况下。
与传统银行相比，非银行金融机构对保函的审批时间通常较长。这是因为这些机构在进行风险评估和审查过程中可能需要更多的时间。对于一些急需资金的企业来说，这样的延迟可能对其经营活动带来不利影响。
由于非银行金融机构通常没有像传统银行那样的长期历史和良好的信誉，使用它们提供的保函可能存在信誉风险。如果非银行金融机构在承担责任时出现问题或违约，借款人可能面临无法获得适当赔偿的风险。
相比于传统银行，非银行金融机构在提供保函时往往会限制借款的额度。这是因为这些机构的资本规模有限，可能无法满足大额保函需求。对于一些需要大额保函支持的项目或企业来说，这可能意味着需要寻找其他金融机构的支持。
由于非银行金融机构接受高风险项目申请的容忍度较低，其保函服务往往更加谨慎。这可能使得一些高风险项目难以获得保函支持，从而给这些项目带来困难。
非银行金融机构保函受到市场因素的较大影响。由于市场波动和不确定性，这些机构可能在提供保函服务时收紧政策，导致借款人无法获得所需的保函。这对企业和个人来说都是一种风险因素。
