银行保函是由银行作为担保人，向收款方发出的一种承诺书，用以确保合同履行中的付款义务。银行保函通常用于国际贸易、招投标、工程承包等场景，可以有效保障各方的权益。
公司保函即企业保函，由企业自身作为担保人，出具给债权人或受益人的一种担保凭证。在商业活动中，公司保函常用于证明企业的信用和偿付能力，从而增加与其他企业的商务合作机会。
银行保函的担保主体是银行，以其信誉和资金实力为依据，为客户提供支付义务的担保。而公司保函的担保主体是企业本身，通过展示企业的信用和财务状态来担保合同的履行。
银行保函的风险由银行承担，一旦承兑，银行即为第一责任人。而公司保函的风险由企业自身承担，若企业不能按时履行义务，则可能会导致声誉受损或法律风险。
银行保函通常在国际贸易中使用较多，以确保进口商或买方履行合同的付款义务，同时增加出口商或卖方的信任。而公司保函在各类商业活动和合作中使用广泛，如项目投标、租赁合约和支付担保等。
办理银行保函需要支付较高的手续费用，涉及到银行的评估和审核程序。而公司保函相对来说手续简单，费用较低，仅需企业提供相关证明文件即可。
