投标担保函和银行保函都是在商业交易中常见的一种风险保障方式。投标担保函用于承诺未能履约时的补偿责任，而银行保函则是由银行作为担保人向受益人发出的书面保证。
投标担保函是由招标企业或投标人通过第三方保证机构办理并发出的，一般要求提供一定金额的保证金。银行保函则是由银行直接开具，并对担保金额负责。
由于投标担保函是由第三方保证机构发出，其承担责任的可靠性相对较低。而银行保函由银行发出，具备更高的可信程度，因此在商业交易中被更广泛地接受和认可。
投标担保函主要适用于投标竞争阶段，用于履约担保和竞标选择。而银行保函更广泛地应用于商业交易的各个环节，如项目履约、合同履行等。
投标担保函需要投标人向第三方保证机构提供资料并缴纳相应费用，然后由保证机构审核后发出。银行保函则要求申请人与开证行之间办理相关手续，并缴纳一定比例的保函费用。
投标担保函在未能履约时，由保证机构根据担保金额进行补偿。而银行保函由开具银行根据信用承诺进行赔付，银行保函的补偿责任更为可靠和稳定。
最终选择使用投标担保函还是银行保函取决于具体的商业交易需求和风险承担能力。对于较大交易金额或对担保可靠性有较高要求的情况下，建议选择银行保函作为担保方式。
