工程保函有其明显的缺点。首先，它对于保障项目完成并不是全面的。保函只覆盖了特定的工程范围和阶段，只有在这些范围内的问题才能得到赔偿。如果项目发生了额外的问题或超出合同约定的范围，保函则无法提供帮助。
此外，工程保函通常只适用于特定类型的工程活动，如建筑、基础设施等。而其他项目，如信息技术、咨询服务等则无法享受到保函的优势。因此，保函的针对性较强，对于跨行业或非传统的项目来说，并不是一个理想的解决方案。
获得工程保函也需要一系列的手续。申请保函需要提交详细的资料和证明文件，包括项目计划、财务状况等。这些手续可能需要耗费大量时间和精力，对于一些紧急项目来说可能不太合适。
另一个明显的缺点是工程保函的成本。为了获得保函，企业需要支付一定的费用作为保险费用，这可能对于经济状况较为薄弱的企业来说是一个负担。此外，在保函期限内没有出现问题时，企业也无法追回已支付的保险费用。
尽管工程保函能提供一定的保障，但它并不能覆盖所有的项目风险。仍然存在一些无法预见和控制的风险，如天灾、政策变化等，这些风险无法通过保函来解决。因此，工程保函虽然有其优势，但并不能完全消除项目的风险。
银行在发放保函之前会对企业进行信用评估，这会涉及到大量的调查和审核过程。对于新开业的企业或信用记录较差的企业来说，获得工程保函可能会面临困难。这使得一些企业无法利用保函来获取更多的商机。
工程保函通常是由买方提出要求，并由买方支付保险费用。这意味着卖方在项目中很少能够从保函中受益。对于一些卖方来说，他们可能更希望能够获得其他形式的担保或支付安排，以确保自己的利益。
