保函是企业在与合作伙伴签订合同过程中，由银行或保险公司出具的，担保本企业在特定条件下履行合同义务的文件。
保函费用通常包括申请费、年费和手续费等。申请费是指企业向发放保函的银行或保险公司提出申请时所需支付的款项；年费是指保函在有效期内的保障费用；手续费是指办理保函过程中涉及的手续和服务所需支付的费用。
在工程项目中，有些人认为保函费用应该计入工程款，因为它们是为了保障工程的顺利进行而产生的必要费用；而另一些人则认为保函费用是企业自身的开支，不应该计入工程款中。
支持保函费用计入工程款的理由主要有两点。首先，保函费用是为了确保工程项目的质量和进度，在工程过程中发挥着重要的作用。其次，计入工程款可以确保各方按照约定支付相关费用，避免工程款不足造成工程无法继续进行。
反对保函费用计入工程款的理由也有两点。首先，保函费用是企业自身应承担的开支，与工程款没有直接关联。其次，计入工程款可能导致工程款预算超支，给合同履行带来不确定性。
在我国现行的《建设工程施工合同》中，并没有明确规定保函费用是否计入工程款。因此，具体是否计入工程款需要根据合同和双方协商确定。
鉴于保函费用计入工程款的争议性和缺乏明确的法律规定，建议在签订工程合同时明确规定保函费用的支付方式，以免引发纠纷。
