工程履约保函保证金比例是根据相关法律法规及合同约定来确定的。具体计算方法如下：
首先要明确工程履约保函保证金是指承包商在承接工程项目时，为保证按时按质完成工程，向业主提供的一种担保方式。
其次，根据国家有关法律法规的规定，不同类型的工程履约保函保证金比例不同，一般以建设工程总造价的一定比例计算。
按照现行相关规定，建筑、市政工程履约保函保证金的比例一般为工程总造价的10%至20%，具体比例由业主和承包商根据项目情况协商确定。
对于大型综合性工程项目或具备重点地段、高风险等特殊因素的工程，保证金比例可能会较高，一般在20%以上。
值得注意的是，工程履约保函保证金只是一种临时性保证，一旦承包商按时按质完成了工程任务并获得结算款项后，保证金将返还给承包商。
此外，在计算工程履约保函保证金时，还需注意以下几个因素：
1. 工程规模：工程履约保函保证金一般根据工程总造价来计算，因此工程规模大小直接影响着保证金的数额。
2. 工程性质：不同类型的工程保证金比例也有所不同，比如住宅工程、商业工程、交通工程等。
3. 风险因素：若工程存在特殊风险，如地理位置复杂、施工环境恶劣等，保证金比例可能会相应提高。
最后，工程履约保函保证金的比例应通过合同约定明确规定，双方应在签订合同时充分协商并达成一致。
