招标人在进行招标过程中，通常会要求投标人提供投标保函。投标保函是投标人为了显示其对中标项目的诚意和能力而向招标人提供的一种财务担保工具。通过扣除投标保函，招标人可以确保投标人履行合同义务，同时减轻自己的风险。
首先，投标保函是投标人在投标过程中必须提供的担保文件，其目的是确保投标人能够按照招标文件的要求并且在规定的时间内履行合同责任。如果投标人不能履行合同义务，招标人可以依据投标保函进行索赔，这样可以保证招标人利益不受损失。
投标保函的金额通常会在中标后的支付中进行扣除。一般来说，如果投标人成功中标，投标保函的金额将会从履约保函或者其他形式的保函中扣除。这样可以确保投标人有足够的资金来履行合同义务。
招标人扣除投标保函是为了防范投标人违约的风险，确保中标后的合作能够顺利进行。同时，扣除投标保函也是对投标人的一种信任和认可，因为这意味着投标人已经通过了严格的筛选程序并且具备履行合同的能力。
如果投标人未能中标或者中标后没有签订合同，招标人应当及时退还投标保函金额给投标人。通常情况下，招标文件中会明确规定退还投标保函的时间和程序。招标人应当按照招标文件的要求进行退还，以免给投标人造成不必要的损失。
投标人在中标后，可以书面向招标人提出申请扣除投标保函。申请材料通常包括中标通知书、履约保函等必要文件。招标人会根据投标人的申请材料进行审核，一旦审核通过，就会按照约定的方式扣除投标保函金额。
招标人扣除投标保函是确保投标人履行合同责任、减轻风险的一种有效方式。同时，对于投标人来说，提供投标保函也是展示自身诚意和能力的重要手段。在招标过程中，双方应当遵守招标文件的规定，并按照约定的方式进行投标保函的扣除与退还。
