保函费用是在国际贸易和商业活动中常见的一种支付方式。它是指买卖双方之间，买方预先支付给银行一定金额的款项来作为担保，确保卖方履行合同义务。然而，在实际操作过程中，有些银行将保函费用计入手续费中，给企业带来了一定的困扰。
将预付款保函费用计入手续费会给企业造成额外负担。首先，符合国际惯例的保函费用应由买方承担，但计入手续费后，企业需额外支付一笔费用。其次，企业可能因不了解相关规定或存在沟通问题，无法理解手续费中包含保函费用。这样一来，企业在签订合同时就需考虑到此额外费用，增加了运营成本。
导致预付款保函费用计入手续费的原因有多种。首先，银行在制定业务流程时未明确规定保函费用的支付方式。其次，企业和银行之间的沟通不畅，使得双方对保函费用计入手续费的处理存在误解。最后，鉴于保函费用金额相对较低，在审核流程中被忽视、纳入了手续费范围。
企业应主动与银行进行沟通，明确预付款保函费用的支付方式。在谈判合同时，应将此类费用以专项条款形式列明，并与银行确认费用是否包含在手续费内。此外，企业还可以寻找其他银行合作，选择未将保函费用计入手续费的机构。
银行在此问题中扮演着重要的角色。银行应完善业务流程，明确保函费用的支付方式；提高员工对保函费用的关注度，避免在审核过程中疏忽；加强与企业的沟通，确保双方对手续费的理解一致。
为解决预付款保函费用计入手续费的问题，相关法规应进行修订。国家可以出台明确规定，将保函费用与手续费分类处理，使企业对此有明确的了解。同时，加强监管力度，确保银行按照法规执行，不将保函费用计入手续费。
预付款保函是国际贸易中常见的支付方式，其费用计入手续费会给企业带来额外负担。企业应加强和银行的沟通，明确保函费用的支付方式，并寻找未计入手续费的合作机构。同时，需要通过修订相关法规和加强监管力度来解决此问题。
