银行保函是指银行根据委托人要求出具的书面保证，承诺在受益人提出符合保证条件的请求时，按照约定向受益人支付一定金额的款项。而银行保函保证金则是指被保函申请人为获取银行保函所须提供的一部分资金。
银行保函保证金通常根据具体项目的特点和风险程度来进行计算。一般来说，保证金的计算方法可以分为固定金额法、按比例法和综合考虑法。
固定金额法是指保证金根据合同内容固定确定的一种方式。根据合同双方的约定，确定一个固定的数字作为保证金数额。例如，合同规定保证金为10万元。
按比例法是指保证金金额根据合同总价或合同款项的一定比例来计算的方法。例如，合同总价为100万元，保证金比例为10%，则保证金金额为10万元。
综合考虑法是指根据具体项目的特点、风险程度及相关法规来综合考虑确定保证金的一种方法。这种方法通常需要涉及专业人士进行风险评估，并参考相关法律法规的规定，最终确定保证金金额。
保证金一般以现金形式支付给银行，有些地区也可以选择提供银行担保或者银行承兑汇票。对于正常履约的项目，保证金多数情况下会在合同结束或完成后退还给申请人，但在某些特殊情况下（如违约或争议），保证金可能会被扣除或没收。
保函保证金的主要作用是增加委托人对受益人的信任。通过支付保证金，申请人表明自己具备一定的履约能力，并且愿意承担相应的责任和义务。同时，保证金也可以作为衡量申请人信誉和能力的指标之一。
